De voornaamste hindernissen doen zich voor binnen de muren van de universiteit. Er is weinig communicatie tussen de verschillende faculteiten, terwijl innovatie vaak in een onverwachte hoek zit. Juist nieuwe combinaties van wetenschappelijke kennis leiden tot de verrassende vernieuwingen met een grote toegevoegde waarde voor de maatschappij en het bedrijfsleven. Het gebrek aan communicatie tussen wetenschappers uit verschillende onderzoeksgebieden maakt dat deze effectieve vorm van innovatie maar weinig voorkomt.

Een ander probleem dat zich voordoet binnen de universiteit is de instelling van de wetenschappers. Naast het feit dat veel wetenschappers niet voldoende in de maatschappij staan, is de echte onderzoeker zich vaak niet bewust van de mogelijkheden die er zijn in het vermarkten van zijn kennis. Soms wordt een onderzoeksresultaat of vinding al gepubliceerd voordat een patent wordt aangevraagd. Hiermee wordt het intellectueel eigendomsrecht verspeeld.

Voorwaarde voor succesvolle kennisoverdracht is daarom een stabiele en structurele samenwerkingsvorm tussen de universiteiten en andere instellingen en bedrijven. In de relatie tussen de universiteit en deze andere instellingen doen zich ook problemen voor.

De doelstellingen van universiteiten en het bedrijfsleven liggen ver uit elkaar. De universiteit richt zich op onderzoek en onderwijs met als hoofddoel ontwikkeling en behoud van kennis. Voor een bedrijf is kennis slechts een middel om in commerciële behoeften te voorzien. Er wordt op totaal andere wijze omgesprongen met kennis. De vrije uitwisseling van ideeën via publicatie binnen de wetenschappelijke wereld staat lijnrecht tegenover de bescherming van kennis door private ondernemingen.

De werkwijze van de wetenschappers en ondernemers verschilt ook sterk. De wetenschapper is in principe een individualist en ziet zichzelf graag als een zelfstandige en ongebonden werker. Zijn strategie van vandaag wordt bepaald door de onderzoeksresultaten van gisteren. De commerciële werknemer is echter gebonden aan een strak omlijnde toekomststrategie van zijn bedrijf, en in een constante verantwoording richting de aandeelhouders.

Het is duidelijk dat het bedrijfsleven en de universiteit niet een vanzelfsprekende match zijn voor samenwerking. Het zijn twee verschillende werelden, waar mensen met andere doelen voor ogen werken. Het resultaat is dat samenwerking vaak berust op persoonlijke netwerken en succesverhalen blijven anekdotisch - terwijl tegelijkertijd de mogelijkheden voor samenwerking eindeloos zijn en échte innovatie binnen handbereik ligt.